Σε νεκρή θάλασσα απειλεί να μετατρέψει τον Μαλιακό κόλπο η συνεχιζόμενη ρύπανση από βιομηχανικά και αστικά λύματα, τα οποία είτε μέσω του Σπερχειού ποταμού είτε μέσω άλλων τάφρων καταλήγουν απευθείας στη θάλασσα. Οι αλιείς της περιοχής δηλώνουν ότι οι πληθυσμοί των ψαριών έχουν μειωθεί αισθητά -τουλάχιστον κατά 50% σε σχέση με μια δεκαετία πριν- υποδεικνύοντας ως αιτία του αποδεκατισμού των ιχθυοαποθεμάτων του Μαλιακού τα ανεπεξέργαστα υγρά απόβλητα της περιοχής, που προκαλούν συνθήκες ασφυξίας στο θαλάσσιο οικοσύστημα.